日本政府对中菲接近感到警惕。因为中菲接近有可能助长中国在南海的活动。在菲律宾提起的南海仲裁案之后，日本与以美国为代表的国际社会展开合作，一直敦促中国接受裁决结果。

　　日本内阁官房长官菅义伟在10月20日的记者会上关于中菲首脑会谈表示，“南海是直接关系到地区和平与繁荣的极为重要的问题，是以我国为代表的国际社会共同的关注焦点”，同时表示“希望包括菲律宾在内，各方在积极合作的同时加以应对”。

　　日本首相安倍晋三曾表示，“南海对于日本来说属于事关生死的重要海上通道”。日本利用国际会议等场合，多次向各国呼吁“法治”的重要性。而在东海，中国主张拥有尖阁诸岛（中国名：钓鱼岛）主权，如果对中国在南海的军事基地化活动置之不理，有可能波及尖阁诸岛问题。

　　日本与菲律宾的合作是重要战略。9月，安倍在老挝与杜特尔特举行了会谈，为了提高菲律宾在南海的沿岸警备能力，表明将提供2艘大型巡逻艇。中菲接近有可能对该战略产生影响。
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